Osnovne organizacione jedinice su:
Službe
- Služba medicine rada,
- Služba medicne sporta
Centri za medicinu rada i sporta
Odjeljenja
- Odjeljenje za pravne, kadrovske i opšte poslove,
- Odjeljenje za ekonomsko – finansijske poslove.
Unutrašnje organizacione jedinice:
U okviru službe medicine rada Zavoda organizuju se sledeće unutrašnje organizacione jedinice:
- Odsjek za profesionalne bolesti i toksikologiju,
- Odsjek za ocjenu radne sposobnosti,
- Odsjek za funkcionalnu dijagnostiku,
- Odsjek za laboratorijsku dijagnostiku.
U okviru službe medicine sporta Zavoda organizuju se sledeće unutrašnje organizacione jedinice:
- Odsjek za ocjenu zdravstvene sposobnosti sportista,
- Odsjek za funkcionalnu dijagnostiku.
U okviru Centra za medicinu rada i sporta organizuju se unutrašnje organizacione jedinice:
- Ambulanta medicine rada,
- Ambulanta medicine sporta.